Flodkräftan är en inhemsk art i Sverige. Antalet flodkräftlokaler har under 1900-talet reducerats med över 97 procent, i huvudsak till följd av kräftpest. Flodkräftan är klassad som starkt hotad i den nationella rödlistan för hotade djurarter sedan 2005. Kräftpesten kom troligen till Europa i samband med introduktion av en nordamerikansk kräftart i Italien 1860. I dagsläget sprids kräftpest genom illegala utsättningar av den nordamerikanska signalkräftan som lagligt började introducerades i Sverige under slutet av 1960-talet.